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SANTÉ - NOUVELLES PERSPECTIVES POUR LA RECHERCHE MÉDICALE. LA RÉVOLUTION MÉDICALE EST-ELLE DANS L'INTESTIN ?

Les recherches sur le microbiote instestinal ouvrent de nouvelles perspectives contre le diabète, l'obésité, l'autisme... Est-ce le nouvel Eldorado de la médecine ?

Habité par 100 000 milliards de bactéries, notre intestin est l'endroit sur Terre où la densité d'êtres vivants est la plus élevée... Ça vous dégoûte ? C'est que vous avez encore échappé à la campagne de réhabilitation de nos précieux microbes, entamée avec Le charme discret de l'instestin - best-seller depuis un an - et qui se poursuit avec des livres proclamant que les bactéries sont nos "amies".

Jusqu'ici, ce sont surtout les méchantes, résistantes aux antibiotiques, qui ont défrayé la chronique comme Escherichia coli, tueuse - entre autres - de 30 consommateurs allemands de graines germées en 2011. Mais qui connaît Lactobacillus reuteri et son pouvoir d'éliminer le choslestérol ?

Grâce à de nouveaux outils, les études se multiplient - 500 en 2008, 4 400 en 2014 - sur notre "microbiote instestinal" et ses propriétés. On sait désormais que, plus il est riche et diversifié, mieux nous nous portons. Mais le microbiote occidental s'appauvrit. En cause : la hausse du taux de césariennes, la baisse de l'allaitement, le mauvais usage des antibiotiques et la nourriture industrielle. Or cette baisse de biodiversité est soupçonnée d'être l'un des facteurs de la montée de pathologies modernes comme le diabète, l'obésité, les maladies auto-immunes, le stress, la dépression, l'autisme...

Comme notre ADN, notre microbiote est unique. Sa formation commence à la rupture de la poche des eaux mais se singularise dès la sortie... Exposé à la flore du vagin et de l'anus, un bébé né par voie naturelle récupère au passage le microbiote de sa mère, là où l'héritage d'un bébé né par césarienne sera des gants en latex... Ensuite l'alimentation, le contact avec l'entourage jouent un rôle essentiel - les personnes vivant sous le même toit ont des microbiotes semblables... comme les amis proches - ainsi que les traitements antibiotiques qui peuvent avoir des conséquences à long terme.

"Aux États-Unis, un enfant reçoit jusqu'à 20 cures avant 21 ans et l'on voit clairement que c'est facteur augmentant le risque d'obésité", assure Gabriel Perlemuter, chef de service à l'hôpital Antoine-Béclère. Son équipe de recherche (Université Paris Sud) a montré comment, à consommation égale d'alcool, des patients souffrant d'un déséquilibre déclenchent une hépatite alcoolique alors que ceux qui ont un microbiote sain n'ont pas de lésions du foie. Et en transférant ce microbiote à des souris malades leurs lésions ont diminué... Mais tous les effets observés chez l'animal entre microbiote et maladies ne seront pas reproductibles chez l'homme. "On va améliorer les connaissances mais que pourra-t-on en faire ?", s'interroge Gilles Mithieux, chef de l'unité Nutrition et cerveau (Inserm Lyon), qui note que les États-Unis en reviennent déjà. Pour lui, l'engouement actuel risque de s'avérer "décevant". Sylvie Montaron

Le Microbiote intestinal

Anciennement appelé "flore intestinale", le microbiote désigne des "micro-organismes utiles à la vie".

Le microbiote est composé de 100 000 milliards de bactéries doit dix fois plus que le nombre de cellules du corps humain. Un seul gramme de selle contient 100 milliards de bactéries.

Deux groupes majeurs représentent 90 % des différentes espèces bactériennes : les Firmicutes et les Bacteroidetes. Chez les obèses, le déséquilibre est rompu avec une rédominance des Firmicutes. 20 grammes de fibres par jour augmentent les proportions de Bacteroidetes et réduisent les Firmicutes.

1 à 3 C'est le poids en kilos que pèse le microbiote, en fonction des individus.

Manger des selles : médicaments de demain ?

30 euros. C'est le prix de la grosse commission, payé à ses "donneurs" par OpenBiome, première banque de selles ouverte à Boston en 2012 ! Ces "dons" sont utilisés pour soigner des patients infectés par Clostridium difficile. Résistante aux antibiotiques, cette bactérie tue entre 14 000 et 30 000 personnes par an aux États-Unis alors que la "transplantation de microbiote fécal" (FMT) chez un patient infecté permet de l'anéantir dans 90 % des cas. Pour cette "greffe", le microbiote est introduit par sonde nasale, coloscopie ou lavement mais des comprimés oraux contenant des selles congelées sont aussi testés... Alors manger de la merde est-il un traitement d'avenir ?

En France, le microbiote fécal est considéré depuis 2014 comme un médicament. Une dizaine de patients infectés par Clostridium difficile en bénéficient chaque année tandis que des essais cliniques sont en cours sur la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique. S'il n'existe pas encore de banque française de selles, la première européenne a ouvert en février à l'université de Leyde au Pays-Bas.

Administrée en Chine depuis le IVe siècle, la "soupe dorée" affole aujourd'hui l'Occident pour ses espoirs dans le traitement de certaines pathologies - des greffes de microbiote sur des souris ont montré comment on pouvait les rendre obèses ou à l'inverse minces - mais elle comprend aussi des risques. Et certains, notamment des des parents d'enfants autistes, jouent les apprentis sorciers à l'aide de procédures trouvées sur internet. "Il y a eu des septicémies et des morts", alerte Gilles Mithieux.

Ce chercheur (Inserm Lyon) se montre sceptique sur la greffe fécale : "Les effets sont réversibles et disparaissent très rapidement". Pour le gastro-entérologue Gabriel Perlemuter et la chercheuse Anne-Marie Cassard, l'espoir viendrait plutôt des prébiotiques et des probiotiques même si leur utilisation est aujourd'hui décevantes. À défaut de pouvoir vendre des yaourts miracles, Nestlé vient en tout cas d'investir dans Enterome, start-up française spécialisée dans le microbiote qui va lancer un essai clinique sur une molécule contre la maladie de Crohn.